1946ko maiatzeko Gipuzkoako Biltzar Eukaristiko Probintzialerako antolatutako Arte Liturgiko eta Eukaristikoaren erakusketa handian dugu D’Museoaren jatorria. Erakusketa hartarako, Manuel Lekuona, Juan Perez Cuadrado eta Juan Aldazabal apaizek eskultura lan handiak ekarri eta jarri zituzten ikusgai, Juan de Anchieta eta Ambrosio Bengoechea maisuenak, besteren artean. Elizbarrutiko hainbat parrokiatako urregintza-lan handiak ere bazituen erakusketak.
Erakusketak arrakasta itzela izan zuen. Asmoa zen arte liturgiko sakratua kalitatez eta heldutasunez berritzea. Eta horretarako, garai guztietako artelan handiak jarri ziren ikusgai, Erdi Arokoak, Arte Modernokoak eta Arte Garaikidekoak.
60-80ko hamarkadetako urteetan, Elizbarrutiaren Ondarearen arduradun ziren Manuel Lekuona eta Jose Maria Zunzunegui hainbat arrazoi medio parrokietako edo kultuko lekuetako biltegi, bobeda eta lokaletan zeuden artelanak berreskuratzen joan ziren
1985ean, Jose Maria Setien Donostiako Gotzainak Donostiako Elizbarrutiko Museoa eraikitzeko eta antolatzeko eskatu zion Edorta Kortadiri. Amarako Familia Sakratua parrokiko zinema izandako lekuan ezarri zuten Museoa.
2010ean, ateak itxi zituen Museoak, Koruko Andre Mariaren elizara aldatzeko zain. Zailtasun ekonomikoek eten egin zuten Museo berriaren proiektua, Edorta Kortadi Koruko Andre Mariaren elizako zuzendari eta parroko izendatu zuten arte.
2013an, Rafael Moneo eta Pedro Elcuaz horren laguntzailea Museo berria diseinatzen hasi ziren, leku berrian: Koruko Andre Mariaren Basilikako Santa Marta nabean.
2016an inauguratu zuten Elizbarrutiko Museoa, kokaleku berrian. Etxea ez ezik izena ere berritu zuen museoak, D’Museoa izena hartu baitzuen.